农业微生物学是微生物学科中的一个非常重要的分支学科，涉及到的面十分的广阔。在我国，农业微生物学所要研究的主要包括农用微生物资源、土壤微生物、植物营养、生物固氮、微生物农药、微生物肥料等几个方面。
《我国农业微生物研究与产业化进展》的报告中详细介绍了我国农业微生物近几年的研究进展以及成果，其中最为巨大的研究成果表现在微生物资源建设跨上一个新的台阶，为微生物的研究和应用提供了菌类基础，最为重要的是我国农用微生物功能基因组的研究已经拉开来序幕，这次基础上作用机理的研究不断地深入。这同时我促使着我国农业微生物产业的不断蓬勃发展，自2008年以来，无论是国家政策还是在产业化专项只要是与微生物肥料有关的生物产业，都是有史以来力度最大、涉及面最广的一个时期，为我国的微生物肥料发展提供了非常好的机遇。
我国的微生物肥料产业这几年来发展非常的迅速，并且这个产业已成为我国农业生物产业的重要组成部分。目前我国内登记的微生物肥料产品数量达1200个之多（截止2100年 10月），应用面积已经达到了一亿亩以上。微生物肥料在国家生态示范区、绿色和有机农产品基地中已成为肥料最主导的位置，微生物肥料用量已经超过450万吨，约占我国微生物肥料年产量的一半，并且所占的比例还处在不断上升的趋势。由于微生物肥料可以提高化肥利用率，抑制农作物对硝态氮、重金属、农药吸收的特点，净化和修复土壤，降低农作物病害发生，促进农作物的腐熟利用，保护环境以及提高农作物产品品质和食品安全等方面表现出不可替代的作用，发展前景非常好。各类生物农药的总需求量超过十五万吨、产值达数十亿元的产业规模；农业微生物产业化规模化发展为发挥微生物在维持与提高土壤肥力、保持土壤质量及健康，实现农业生产的持续稳定发展和农产品质量与安全提供了重要支撑。
随着我国人民生活水平的不断提高，人们对农产品品质和产地环境的要求越来越高，有机食品、生态食品和绿色食品将逐渐占领高端市场，需要大量有机生物肥料，微生物肥料产业发展潜力巨大。同时，微生物肥料行业的发展也会遇到科技创新的几个问题，不但要在科研上创新，同时在生产技术、工艺与经营管理上也要创新，我国对科技创新的需求尤其迫不及待。所以说，在我国农业微生物肥料产业发展前景十分广阔。
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